Berdasarkan SK Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta No.309/KEP/2015 tentang Pengangkatan Pimpinan Baznas DIY Periode 2015–2020, sesuai amanah Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2011 dan Perarturan Pemerintah Nomor 14 Tahun 2014, susunan pengurus sebagai berikut :

Unsur Pimpinan :

1. Dr. Bambang Sutiyoso, SH. M.Hum  –  Ketua
2. Dr. H.Munjahid,M.Ag.  –  Wakil Ketua I Bidang Pengumpulan
3. Drs. H.Agus Sunarto, MBA  –  Wakil Ketua II Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan
4. Nursya’bani Purnama, SE. M.Si.  –  Wakil Ketua III Bidang Perencanaan, Keuangan dan Pelaporan
5. Juni A. Dwi Utomo, S.Psi  –  Wakil Ketua IV Adminitrasi, SDM dan Umum

Unsur Unit Pelaksana
1. R. Kozara, S.Pd – Bidang Manajemen Kelembagaan (Humas)
2. Ummi Nasyi’ah, S.Ag, M.Si – Bidang Penghimpunan
3. Edi Purnama, S.Pd.i – Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan
4. Riyantiningsih, SE – Bidang Perencanaan, Keuangan dan Pelaporan
5. Dedi Hermawan – Bidang Administrasi, SDM dan Umum