Berdasarkan SK Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta No.82/KEP/2021 tentang Pengangkatan Pimpinan Baznas DIY Periode 2021–2026, sesuai amanah Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2011 dan Perarturan Pemerintah Nomor 14 Tahun 2014, susunan pengurus sebagai berikut :

Unsur Pimpinan :

1. Dra.Hj. Puji Astuti, M.Si  –  Ketua
2. Dr. H.Munjahid,M.Ag.  –  Wakil Ketua I Bidang Pengumpul
3. H. Jazilus Sakhok, MA, Ph.D.  –  Wakil Ketua II Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan
4. H. Nursya’bani Purnama, SE. M.Si, CT,CCA.  –  Wakil Ketua III Bidang Perencanaan, Keuangan dan Pelaporan
5. H. Ahmad Luthfi, SS, MA.  –  Wakil Ketua IV Adminitrasi, SDM dan Umum

Unsur Unit Pelaksana
1. Rachmat Kozara, S.Pd – Sekretaris dan Koordinator Pelaksana
2. Dedi Hermawan – Bidang Pengumpulan ZIS - DSKL
3. Edi Purnama, S.Pd.i – Bidang Pendistribusian dan Pendayagunaan
4. Riyantiningsih, SE – Bidang Perencanaan, Keuangan dan Pelaporan
5. Ummi Nasyi’ah, S.Ag, M.Si – Bidang Administrasi, SDM dan Umum